मुंबई मे एक निजी समारोह मे संस्थान का व्हीजन बताने के लिए साईट्रस्ट की सीईओ भाग्यश्री बानायत को आमंत्रित किया था। तब वहॉ अपने विचार रखते हुए उन्होने साईबाबा सर्वधर्म समभाव को मानते थे यह कहते हुए साईबाबा मुस्लिम फकिर थे और उनका शिरडी मे हिंदू मंदिर है ऐसा जिक्र किया। सीईओ के इस बयान के बाद तमाम भक्त और शिरडीवासीं की श्रद्धा आहत हुई। भक्तोंने और ग्रामस्थोंने सीईओ भाग्यश्री बानायत को सोशल मिडीया पर भारी मात्रा मे ट्रोल किया.. साथ ही शिरडी के ग्रामवासी ने मंदिर के चक्कर लगाते हुए सीईओ मांफी मांगे ऐसा बोर्ड लेकर आंदोलन भी किया। जिसके बाद शिरडी ग्रामवासींयोंके सामने सीईओ भाग्यश्री बानायत ने अपने बयान पर मांफी मांगी है।
हम आपको बता दे की, 2014 मे साईबाबा मुस्लिम होने का दावा शंकचार्य ने स्वरुपानंद ने किया था..और उनकी पुजा करने के लिए मना किया था, इसपर पुरे देश मे भारी हडकंप मचा था.. और भक्त खुलकर शंकरचार्य के विरोध मे सामने आये थे। लेकिन अब संस्थान की मुखीयॉ ही साईबाबा को जाती धर्म का लेबल लगा रही है, इसलिए भक्त नाराज है।